Maestro Shimon
Es el consejero de los Faraones.Anteriormente fue un miembro de la Corte del Faraón Acnancanon, poseía la llave milenaria.Pudo liberar al monstruo más poderoso: Exodia cuando fue destruido el cayó en Reino de las Sombras.
Majad(Mahado)
Es un mago de la elite. Tien un gran poder oculto pero lo tuvo que encerrar en un templo . Su única aprendiz es Mana. Posee el Anillo Milenario, pelea con Bakura pero pierde y al perder se fusionó con el Mago de las Ilusiones ,y por esa razón queda fusionado con su monstruo por siempre en la Lápida. Sus monstruos son : El Mago de las Ilusiones y Espectro Sombrío. El juró que siempre lo protegerá a Atem ya que lo protegió cuando eran niños y viceversa. Al fusionarse el pasaba a ser su sirviente eterno para siempre.
Isis
Isis
Posee el Collar Milenario. Siempre se preocupa por todos en especial por Atem y Majad. En los últimos momentos dio todo por salvar al Faraón y por esa razón quedó atrapada en el Reino de las Sombras. Sus monstruos son: Duendecillo Místico, Espidea y Dragón de la Fortaleza.
Maestro Agnadi
Es el Hermano del Faraón Acnancanon. Posee el Ojo Del Milenio. Tiene un hijo llamado Seto que luego pudo convertirse en un miembro de la Corte. El fue el Creador de los Artículos del Milenio y destruyó la Aldea de Kulela. Tiene en su interior un Gran Poder del Oscuro. Se convierte en uno de lo Sirvientes de Zork ya que Zork lo transforma y lo convierte en el Mago de las Tinieblas. Agnadi quiere destruir a Atem ya que si lo logra su hijo Seto podrá convertirse en un Faraón que gobierne bajo el poder de las Tinieblas. Trata de convencer a Seto pero no lo logra
Karim
Posee la balanza del Milenio. Es el primero en ir al Reino de las Sombras ya que le da toda su energía a Shada
Seto
Posee el Báculo del Milenio. Es hijo de Agnadi y Primo de Atem.Protege con toda lealtad y respeto al Faraón Atem.Se enamora de Kisara ya que tiene un gran poder oculto y ya se habían conocido antes cuando eran niños. Kisara lo protegió del Maestro Agnadi. Sus monstruos son: Duos y El Dragó Blanco De Ojos Azules.
Cuando pelea con Zork es vencido y es llevado al Reino De Las Sombras y luego convertido en piedra. Pero después Atem le deja el trono y se convierte en el Faraón.
Shada
Posee la llave del milenio. Es llevado al Reino de las Sombras al proteger a Atem de un trueno.
Su monstruo: Búfalo Bicéfalo.
Personajes Secundarios
Kisara
Ella posee un gran espíritu ya que es el del Dragón Blanco De Ojos Azules. Está enamorada de Seto ya que el la salvó cuando eran jóvenes. Se sacrifica para salvarlo de Agnadi. Ella siempre era capturada por los ladrones y era odiada ya que decían que su espíritu destruía todo. Se encuentra con Kaiba y tiene una pequeña charla.
Mana
Es una aprendiz de Majad.Es maga pero no sabe hacer buenos hechizos ya que no le salen bien. Siempre quiere estar con Majad. Siempre estuvo con Atem desde la niñez. Se hace muy amiga de Yugi y de los demás. Ella puede invocar a La Dama Del Mago Oscuro.
Enemigo
Bakura y Zork
Es el personaje principal ya que pone a prueba al faraón y a sus amigos atacándolos siempre el juego a veces se complica ya que siempre ataca Bakura y los lleva a trampas que los pone en riesgo, ya que el Faraón estuvo a punto de perder en varias ocaciones el juego del oscuro ya que decidiría el destino del mundo del futuro y el pasado.Zork y Bakura ya que son la misma persona representan una sola maldad y amenaza para ellos pero todo seguiría peligroso y más arriesgado.
